La trazabilidad es "la posibilidad de encontrar y seguir el rastro, a través de todas las etapas de producción, transformación y distribución, de un alimento, un pienso, un animal destinado a la producción de alimentos o una sustancia destinados a ser incorporados en alimentos o piensos o con probabilidad de serlo" (artículo 3 del Reglamento 178/2002).

El Codex Alimentarius la concibe como "…la capacidad para seguir el movimiento de un alimento a través de etapa(s) especificada(s) de la producción, transformación y distribución" hasta su consumo.

El sistema de trazabilidad del Agromercado se apoya en los siguientes elementos para garantizar tanto el cumplimiento de la norma como la procedencia, la calidad y la salubridad de los alimentos.

1.- Asesoramiento agronómico en cuanto a programación de cultivos, rotaciones y asociaciones, nutrición de la planta o manejo biológico de plagas y enfermedades.

2.- Seguimiento y control de las producciones, mediante visitas de campo, en las que se combina el asesoramiento técnico con el control semanal de las producciones a comercializar en el Agromercado de Breña Alta.

3.- Sistemas de cultivo.- Únicamente se permiten los sistemas de producción Ecológica (ROPE) ó Integrada - Residuo 0, en ninguno de ellos está permitido el uso de productos fitosanitarios de síntesis química ni de herbicidas.

4.- Cuaderno de campo en el que cada agricultor recoge el historial de su cultivo, como datos necesarios para contrastar y asegurar la calidad y seguridad.

5.- Toma de muestras y análisis multiresiduos.- Periódicamente se realizan tomas de muestra de frutas y hortalizas que son enviadas al Laboratorio de residuos de productos fitosanitarios de Canarias para realizar análisis de multiresiduos, y acreditar su inexistencia.

6.- Marca Reserva Mundial de la Biosfera La Palma.- Además de los sistemas de control propios del Agromercado, el grado de compromiso de los productores hace que los puestos de frutas y hortalizas cuenten con la certificación de la Reserva Mundial de la Biosfera La Palma que refuerza, acredita y vela por el cumplimiento de las normas técnicas de producción y la calidad de los productos.

7. Certificación participativa. Mediante la cual productores y consumidores pueden implicarse en la implantación de mecanismos de transparencia para decidir cuales deben ser las dimensiones productivas, socio-culturales y económicas de la actividad agraria de acuerdo a sus propios valores y convicciones